Muitas forças trabalharam juntas para pôr fim ao sistema missionário. Talvez a razão fundamental tenha sido que as missões serviram ao seu propósito como o principal meio de "colonizar" a Califórnia e transformá-la de um deserto. Na década de 1830, as terras controladas pela missão cobriam cerca de 1/3 do estado futuro, e a população total havia crescido para cerca de 30.000 - nas missões, presídios e cidades que se formaram (a mais proeminente delas se tornaria Los Angeles). À medida que o número de colonos cresceu, eles vieram cobiçar as terras e propriedades das missões.
